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Uma classificação bastante aceita nos dias atuais é aquela que compreende uma categoria acima de reino: os domínios. Essa classificação foi proposta por Carl Woese, em 1977, e baseia-se em dados de filogenia molecular. De acordo com Woese, existem três domínios: Domínio Archaea, Domínio Bacteria e o Domínio Eukarya
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