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Explicação: Para separar a dupla hélice a amostra é aquecida a 90-96ºC. No entanto, os primers não se ligam à cadeia de DNA a essa temperatura. Para a segunda etapa, o aparelho arrefece até 55ºC. O passo final da reacção é feito a 75ºC, temperatura à qual a polimerase funciona melhor.
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