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Para o enfrentamento das doenças emergentes e reemergentes o fortalecimento da vigilância epidemiológica, especialmente no que diz respeito à sua capacidade de detecção precoce, tem um papel fundamental. Médicos, enfermeiros, médicos veterinários, e demais profissionais da assistência devem ser capacitados para identificar casos suspeitos e auxiliar no processo de investigação e desencadeamento das medidas de controle.
Epidemiologistas devem estar qualificados para realizar investigações de campo e monitorar o comportamento das doenças em indivíduos e populações, além de disporem de um sistema de informações ágil e que permita a tomada de decisão em tempo oportuno. É preciso fortalecer as atividades de vigilância em saúde (ambiental e sanitária, principalmente) e saúde pública veterinária, pois a emergência e reemergência de doenças infecciosas resultam da interação do homem com o ambiente. Alguns fatores, tais como a fauna sinantrópica e as condições sanitárias dos alimentos e das populações animais deveriam ser monitorados de forma rotineira e eficiente, de forma a prevenir, ou pelo menos alertar precocemente a comunidade para o risco de emergência de doenças. Isto exigiria mecanismos ágeis de comunicação entre os diferentes serviços envolvidos (BARATA, 1997; LUNA, 2002).
Para favorecer a capacitação técnica, a Secretaria de Vigilância em Saúde do Ministério da Saúde já estabeleceu parceria com o CDC americano, para a formação de epidemiologistas de campo, através do Programa de Treinamento em Epidemiologia Aplicada aos Serviços do SUS (EPI-SUS) (LUNA. 2002 ; BRASIL, 2008).
A capacidade de diagnóstico laboratorial também deve, necessariamente, ser ampliada, através de uma rede de laboratórios de Saúde Pública resolutiva, organizada de forma hierarquizada, dotada de equipamento adequado, suprimento oportuno de insumos, profissionais capacitados e que garanta a biossegurança. No Brasil, a rede constituída pelos laboratórios de Saúde Pública (LACENs) de cada estado e os laboratórios federais deve incluir, também, os laboratórios universitários (não só de patologia clínica, microbiologia, parasitologia, virologia e imunologia, como também de entomologia, zoologia, ecologia, ornitologia, micologia e medicina veterinária), além dos laboratórios da rede privada que demonstrarem interesse em participar. Esta rede ampliada, por sua vez, deve estar relacionada com as redes internacionais, organizadas pela OPAS/OMS, das quais o Brasil já faz parte (LUNA, 2002).
Outro desafio que as doenças emergentes e reemergentes colocam para a Saúde Pública diz respeito às normas de biossegurança. Há um risco de que agentes etiológicos novos e com alta letalidade possam vir a ser utilizados como armas biológicas, além da possibilidade real do tráfego global de viroses, em poucas horas, de um continente a outro, através das viagens aéreas (BARATA, 1997).
A questão da biossegurança deve contemplar o controle da importação de animais para experimentação, principalmente primatas, que podem ser reservatórios ou fontes de agentes infecciosos novos. As condições de transporte, acomodação e manutenção desses animais devem ser objeto de vigilância sanitária. Do mesmo modo, o manejo clínico de casos suspeitos em hospitais necessita de normas de biossegurança que protejam os profissionais de saúde e a clientela. O mesmo se aplica aos profissionais de laboratórios responsáveis pela identificação dos agentes etiológicos (BARATA, 1997).
Uma estratégia fundamental para o enfrentamento das doenças emergentes e reemergentes é o desenvolvimento de pesquisa básica e aplicada na área, com envolvimento das universidades e dos institutos de pesquisa, especialmente em novas tecnologias de diagnóstico (incluindo técnicas de biologia molecular), pesquisa epidemiológica, e desenvolvimento de fármacos e de vacinas.