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Elas auxiliam: digestão de ruminantes, tratamento de esgoto, produção de antibióticos, fabricação de laticínios etc. As bactérias não são somente organismos causadores de doenças! Elas contribuem, e muito, para melhorar a qualidade ambiental e de vida de diversas espécies.
No sistema digestório de alguns organismos, como ruminantes e cupins, por exemplo, determinadas bactérias auxiliam na quebra de algumas substâncias, como a celulose.
O que diz respeito a cadeias alimentares, muitos destes indivíduos, juntamente com determinados tipos de fungos, são capazes de decompor a matéria orgânica oriunda de organismos mortos e seus resíduos, liberando para o ambiente diversos nutrientes de composição mais simples, sendo estes aproveitados por outros seres vivos.
Podem, também, disponibilizar compostos nitrogenados para as plantas ao morrer, liberando no solo nitrogênio na forma de amônia que, em seguida, pode formar íons amônio e ser aproveitado por alguns vegetais; ou, em vida, no caso das do Gênero Rhizobium, se unir simbioticamente a leguminosas, fornecendo nitrogênio às plantas enquanto recebe açúcares e outros compostos orgânicos.