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A capsaicina possui uma longa cadeia carbônica apolar, por isso interage melhor com outras moléculas apolares, como a caseína (por isso é hidrofóbica). Apenas uma pequena parte da molécula é polar, onde apresenta ligação com a hidroxila OH, e esta parte interage com a água que também é polar, por isso o ardor não some tão eficientemente quanto na interação com leite.
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