Question

porque a parceria entre os indios e os portugueses nao deu certo

Answer 1

Em que sentido? Em certas ocasiões deu sim, como por exemplo o período das invasões de estrangeiros franceses e holandeses, eles se juntaram para expurgá-los.
Também no período das bandeiras (bandeirantes paulistas), no qual aceitavam de bom grado apoio de nativos para explorar melhor o sertão.