Respostas
A questão evoluiu centrada na atuação de dois bispos, Dom Vital e Dom Macedo Costa, ardentes defensores do catolicismo ultramontano.
Baseando-se em ordenações papais não aprovadas pelo Império brasileiro, ao interditarem irmandades sob sua jurisdição, por manterem elas em seu seio membros maçons, e negando-se a levantar os interditos após ordem expressa do governo, já que tais associações eram regidas também pelo poder secular, julgou-se que feriram a Constituição do Império e incorreram em culpa de desobediência civil, sendo presos e condenados a trabalhos forçados. Pouco tempo depois foram amnistiados, mas isso não aplacou o acérrimo debate público que se desencadeou a respeito da união entre Igreja e Estado, ao contrário, o problema permaneceu em discussão agregando outros elementos ideológicos e sociais e facções cada vez mais extremadas, enfraquecendo a autoridade e o prestígio da monarquia. Por isso a questão religiosa é considerada um dos momentos mais marcantes do Segundo Reinado e um dos fatores que precipitaram a queda do regime monárquico brasileiro, mas sua análise permanece controversa. Com o advento da República formalizou-se a separação entre os poderes religioso e secular.
Embora usualmente circunscrita na bibliografia ao episódio dos bispos, a questão religiosa em seu sentido mais lato, expressão de uma complexa e dinâmica realidade social e cultural, ressurgiu com força durante a era Vargas, com a Igreja readquirindo grande influência política e reconquistando constitucionalmente vários de seus antigos privilégios. Segundo alguns autores, seus efeitos repercutiram também ao longo de toda a segunda metade do século XX.