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As comunidades aquáticas podem sofrer com diversos fatores naturais, dentre eles temos o aquecimento global, que ao aumentar a temperatura dos oceanos e dos rios e lagos causa a morte de diversas espécies marinhas, provocando assim mudanças na biodiversidade de tais comunidades.
Além disso, outros fatores podem influenciar tais comunidades, como por exemplo, a chegada acidental de novas espécies, que pode alterar a cadeia alimentar local, promovendo desequilíbrios que tendem a modificar a estrutura de uma comunidade aquática.
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