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As cianobactérias surgiram há aproximadamente três bilhões de anos na Terra. Essa datação é confirmada a partir de fósseis conhecidos como estromatólitos, que foram formados por esses micro-organismos. Por existirem há tanto tempo, acredita-se que as cianobactérias foram as responsáveis pela produção do oxigênio que se acumulou na atmosfera primitiva
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