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Com as capitanias hereditárias foi criado um sistema político-administrativo descentralizado, ou seja, não havia um governo central. Todos os donatários reportavam-se diretamente ao rei. Os donatários eram os responsáveis pelos custos do processo de implantação e do funcionamento das capitanias.
Havia uma grande dificuldade de administrar a colônia e os ocupantes que nela se estabeleciam. A Coroa portuguesa entendia a necessidade de instalar um corpo administrativo que pudesse organizar de perto toda a imensa extensão territorial que se formava como posse do Império Português, sobretudo após o fracasso do sistema de capitanias.
Foi nesse contexto que, em março de 1549, Tomé de Sousa aportou no litoral brasileiro com a missão de desempenhar uma série de funções administrativas, como defesa, estímulos à produção agrícola, relacionamento com os indígenas e a fundação de uma capital colonial – designada, na época, como São Salvador da Bahia de Todos os Santos, atual Salvador. Tomé de Sousa assumiu o cargo de governador-geral.
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