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Na indústria farmacêutica, as bactérias são usadas para produzir antibióticos, vacinas e enzimas úteis para fins médicos. A maioria dos antibióticos é produzida por bactérias que vivem no solo. Actinomicetos como Streptomyces produzem tetraciclinas, eritromicina, estreptomicina, rifamicina e ivermectina.
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