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As bactérias são seres procariontes, isto é, não apresentam envoltório nuclear que delimita o DNA dentro de uma estrutura denominada núcleo. De acordo com a classificação de Robert Whittake em 1969, as bactérias, assim como as cianobactérias (algas azuis) estão incluídas no Reino Monera. Em 2003, Thomas Cavalier-Smith propôs uma nova classificação reconhecendo dois domínios, o domínio Prokaryota, que engloba os reinos Archaea e Bacteria, e o domínio Eukaryota, que envolve tanto os seres unicelulares como pluricelulares.
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