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Os nematódeos constituem um filo monofilético com base tanto em dados moleculares como morfológicos, tendo como principais sinapomorfias o sistema secretor-excretor, formado por células renete e/ou canais excretores de arranjo único entre os metazoários, e os anfídeos, órgãos sensoriais quimiorreceptores de morfologia diferenciada.
Em relação à evolução do parasitismo dentro do filo, ele parece ter evoluído diversas vezes nas suas três linhagens distintas (Enoplia, Dorylaimia e Chromadoria), aparecendo ao menos três vezes no caso de parasitismo em plantas e seis vezes em animais.
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