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A Inquisição no Brasil Colônia passou a vigorar a partir da década de 1590, quando o Tribunal do Santo Ofício de Portugal visitou os colonos pela primeira vez.
Tendo o processo de colonização portuguesa no Brasil efetivado-se a partir da década de 1530, muitas transformações (de ordem política e econômica) passaram a ocorrer em algumas capitanias, sobretudo na Bahia, em Pernambuco e no Rio de Janeiro, onde havia uma maior concentração de colonos. As missões jesuíticas e outras ações operadas pela Igreja Católica estavam intimamente ligadas ao processo colonizador. Essa ligação resultou em atividades como a conversão dos gentios (índios) e o ajustamento das condutas dos colonos que se desviassem dos preceitos da Igreja. A presença da Inquisição portuguesa no Brasil, entre os séculos XVI e XVIII , integrou o processo colonizador.