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Entretanto a publicação em 1859 de “A origem das espécies” , de Charles Darwin, abalou o fundamento principal da teoria de Lamarck afirmando que a evolução das espécies se daria pelo processo deseleção natural e não pelo uso e desuso. Segundo a teoria de Darwin algumas pequenas variações nos organismos surgiriam ao acaso e, caso essas variações os tornassem mais aptos que os outros organismos estes sobreviveriam transmitindo suas características aos seus descendentes. Ou seja, na teoria de Lamarck o uso acarretaria a evolução, já na teoria de Darwin a evolução se daria pelo acaso aliado a seleção natural.
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