O retículo endoplasmático rugoso e o Complexo de Golgi apresentam uma importante relação morfofuncional. As vesículas que saem do retículo endoplasmático rugoso seguem para o Complexo de Golgi, onde ocorrem várias atividades no conteúdo dessas vesículas. Se as vesículas do retículo chegam ao Golgi, e as proteínas que estão em seu interior apresentarem problemas em sua produção:
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As proteínas podem ser devolvidas ao reticulo endoplasmático através do fluxo retrógrado.
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