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A história da farmácia remete à preocupação com a saúde, a doença, aos primeiros remédios, ao aparecimento dos medicamentos e ao surgimento do farmacêutico. Apresenta vários períodos e cada um as suas inovações.
Os textos antigos relatam o emprego das plantas e de substâncias de origem animal para fins curativos, desde o período Paleolítico ou idade da pedra lascada. O mais antigo documento farmacêutico conhecido é uma tabuinha sumérica (tabela de argila) executada no terceiro milênio (2100 a.C.), contendo quinze receitas medicinais, descoberto em Nippur. O papiro mais importante da história da Farmácia é o papiro Ebers escrito por volta de 1500 a.C., espécie de manual destinado aos estudantes, que revela segredos de medicação. Esta verdadeira farmacopéia registra abundantes informações, contém 811 prescrições e menciona 700 remédios para distintas doenças, de mordida de serpente à febre puerperal, abrangendo uma grande variedade de temas médicos.
Na antiguidade, durante a busca dos alquimistas por formas de fabricar ouro e o elixir da vida eterna, eles acabaram por produzir óleos e resinas que foram considerados os primeiros remédios da humanidade. Muitos anos depois, surgiu a referência à botica, que era apenas uma caixa de madeira na qual se levavam os remédios.
A origem das atividades relacionadas à farmácia se dá a partir do século X com as boticas ou apotecas, como eram conhecidas na época. A figura do apotecário ou boticário aparece nos conventos da França e Espanha, desempenhando o papel de médico e farmacêutico. Neste período, a medicina e a farmácia eram uma só profissão.
A evolução e desenvolvimento da farmácia, como atividade diferenciada, só aconteceria na Alexandria após um período de instabilidade marcado por guerras, epidemias e envenenamentos. A farmacologia ganhou grande impulso, principalmente no tratamento dos soldados abatidos nos campos de batalha. E a profissão farmacêutica separa-se da medicina ficando proibido ao médico ser proprietário de uma botica.
O grego Hipócrates marcou uma nova era para a cura quando sistematizou os grupos de medicamentos, dividindo-os em narcóticos, febrífugos e purgantes. Galeno escreveu bastante sobre farmácia e medicamentos, sendo considerado o "Pai da Farmácia". Sua grande contribuição foi a transformação da patologia humoral numa teoria racional e sistemática, em relação à qual se tornava necessário classificar os medicamentos.
Durante a 1a Guerra Mundial (1914 -1919), desenvolve-se a terapia antimicrobiana com avanços significativos em quimioterapia, antibioticoterapia e imunoterapia. E no período da 2a Guerra Mundial (1939 -1945), começaram as pesquisas sobre guerra química que resultaram no descobrimento dos primeiros anti-neoplásicos.
As últimas décadas do século passado foram decisivas no descobrimento de fármacos a partir da aplicação de conceitos de genética molecular, genômica, proteômica e informática. A biotecnologia e a tecnologia farmacêutica emergiram como poderosos instrumentos para romper com os limites terapêuticos estabelecidos.
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