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Quanto às biotecnologias, genes bacterianos são um dos mais utilizados no desenvolvimento de organismos transgênicos; sendo que algumas espécies, como as do Gênero Agrobacterium, auxiliam no transporte dos novos genes ao genoma do indivíduo a ser modificado. Na indústria, estes seres vivos são utilizados na fabricação de antibióticos e substâncias, como a acetona e o ácido glutâmico.
Tais organismos, ainda, podem auxiliar na limpeza de substâncias prejudiciais ao meio ambiente, como pesticidas e até mesmo petróleo e substâncias radioativas.
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