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Cílios servem propriamente dito para proteção, tanto que no nosso olho temos cílios que servem de proteção. Exemplo uma larva ciliada do filo Celenterados, os cílios servem de proteção para que ela se desenvolva.
Flagelos são praticamente uma ajuda na locomoção, presente em espermatózoides, são parecidos com uma cauda, que se move e movimenta o espermatozoide.
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