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Diencéfalo é formado por vários núcleos. Os maiores são os que, em conjunto, formam o tálamo, passagem obrigatória para quase toda a informação que é encaminhada ao córtex cerebral. Abaixo dele fica o hipotálamo, estrutura vital que recebe o tempo todo informações sobre o estado funcional do corpo e regula todos os sistemas que são capazes de modificar o funcionamento do corpo, inclusive através do comportamento. Acima do tálamo fica a glândula pineal, ouepitálamo, que também ajuda a integrar o funcionamento de corpo e cérebro. Outras estruturas do diencéfalo são os globos pálidos, parte dos núcleos da base juntamente com o estriado telencefálico, e o núcleo subtalâmico.
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