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Os laboratórios de referência realizam procedimentos de alta complexidade, para complementação diagnóstica e controle de qualidade analítica de toda a rede. A análise de amostras enviadas por outros laboratórios, hospitais, clínicas e unidades de saúde de todo o país para confirmação de diagnósticos é uma de suas atividades primordiais. Além disso, promovem capacitação de recursos humanos em áreas de interesse ao desenvolvimento da credibilidade e confiabilidade laboratorial, estimulando parcerias que visam à melhoria da qualidade dos diagnósticos.
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