Question

por que se pode dizer que praticamente toda a massa do átomo esta no núcleo?

Answer 1

Porque um átomo é constituido de neutrons, protons e eletrons, os protons e neutrons tem uma massa consideravel e relativamente parecidas, já os eletrons tem uma massa quase nula.
Agora cada um desses fica em uma parte do átomo, os protons e neutrons ficam juntos no nucleo,  e os eletrons ficam na eletrosfera em volta do nucleo.
Por isso podemos dizer que o que tem "massa" mesmo está no nucleo.