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O golpe militar repercutiu no movimento estudantil. A influência das correntes políticas de esquerda levou as autoridades militares a reprimirem as lideranças estudantis e desarticularem as principais organizações representativas. Primeiramente, a UNE foi posta na ilegalidade, depois as UEEs e os DCEs. Foram criadas novas organizações e novos procedimentos foram adotados para seleção de seus representantes.
As constantes tentativas das lideranças estudantis de retomarem o controle das organizações foi o principal fator a desencadear novas ondas de repressão política. Desse modo, reivindicações educacionais e manifestações de protesto político contra o governo militar foram as principais bandeiras de luta do movimento na segunda metade da década de 1960. O ápice da radicalização dos grupos estudantis ocorreu em 1968, ano marcado por grandes manifestações de rua contra a ditadura militar.