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São decompositoras de materia organica. Por exemplo nos corpos hidricos, a materia organica proveniente do despejo de efluentes domesticos é utilizada pelas bacterias heterotroficas como nutriente para obtenção de energia, eliminando assim a contaminação do meio que pode ser prejudicial a outras especies de organismos. Tambem são importantes nos ciclos biogeoquimicos, como a fixação de N no solo quando estas se encontram associadas as plantas.
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