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As áreas mais desmatadas do Maranhão são a dos Indígenas.
O Maranhão é o estado com o maior número de municípios na lista de prioridades do Ministério do Meio Ambiente (MMA). No período de 2009 a 2010, 20 unidades federadas desmataram área superior a 25 quilômetros quadrados. Bahia e Tocantins vêm em seguida com oito quilômetros e o Piauí, com 6 quilômetros, ocupa o terceiro lugar. Isto quer dizer que o estado liderou em termos de desmatamento.
Entraram na lista os que desmataram área superior a 25 quilômetros quadrados entre 2009 e 2010 e possuam, em seu território, mais de 20% de cobertura vegetal nativa, unidades de conservação, terras indígenas ou quilombolas. Levantamentos feitos com base em imagens de satélite apontam que os 53 municípios representam apenas 4% do total de municípios do bioma mas são responsáveis por 44,7% de toda a área desmatada no período.
As cidades citadas pelo MMA são: Aldeias Altas, Alto Parnaíba, Balsas, Barra do Corda, Barreirinhas, Buriti, Caxias, Chapadinha, Codó, Coroatá, Grajaú, Parnarama, Riachão, Santa Quitéria do Maranhão, São Benedito do Rio Preto, São João do Soter, Timbiras, Tuntum, Urbano Santos e Vargem Grande.