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Espécie autóctone é a designação atribuída a espécies que habitam o seu território de origem. Este termo é sinonimo de indígena ou nativo. O termo é aplicável tanto a espécies vegetais como a espéciesanimais.
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O termo autóctone é sinónimo de nativo ou indígena, isto é, diz respeito a seres vivos originários do próprio território onde habitam, ou seja, são espécies que nascem em tal região por exemplo Medronheiro espécie autóctona portuguesa
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