Question

Por que na tabela periodica o numero atomico é em cima e na estrutura atomica é em baixo?

Answer 1

Que eu saiba, não há razão nenhuma para essa escolha. Mas pode ser que na tabela, em cima seja mais fácil localizá-lo.

E também o número de massa, na tabela, geralmente não é inteiro, tendo algumas casas decimais deixa-o consideravelmente maior que o número atômico, o que dificulta arranjá-lo da mesma forma que a representação convencional.

Mas isso é tudo um ideia, pode não ser por esses motivos.
Espero que ajude :)