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As principais diferenças é que o DNA de procariotos não está envolvido por uma membrana, enquanto em eucariotos o seu DNA é encontrado no núcleo. Os procariotos não possuem organelas celulares, enquanto os eucariotos levam uma maior vantagem evolutiva, pois eles possuem organelas e essas organelas são revestidas por uma membrana.
Espero ter te ajudado :)
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