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Ele é utilizado como corante em testes hematológicos, podem ser coradas por ele a heterocromatina, o RNA ribossômico e nucléolo. Por possuir caráter básico, os componentes que reagem com ele são chamados de basófilos.
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O azul de metileno ajuda a ter melhor visao se deu certo (por causa da cor azul) Ex:cirurgias
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