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O termo "deep web" ("web profunda") tornou-se um termo geral para se referir a todo um conjunto de sites e servidores de internet. Explicar o termo, portanto, não é mais tão simples.
Originalmente, a "deep web" eram os sites "invisíveis" - páginas que, por qualquer motivo, não apareciam em mecanismos de busca, especialmente no Google. Eram páginas que, para serem encontradas, necessitavam do uso de diversos mecanismos de busca em conjunto, além de ferramentas adicionais e ferramentas de pesquisa individuais de cada site.
O termo se popularizou com uma definição mais compacta para se referir aos sites que necessitam do uso de programas específicos para serem acessados. O mais popular entre eles é o Tor, mas existem outros softwares, como Freenet e I2P. O emprego do termo "deep web" é incorreto neste contexto - o termo certo seria "dark web" (web escura).
Porém, como esses sites precisavam de ferramentas especiais para serem acessados, eles não apareciam em mecanismos de pesquisa e, assim, as duas definições não eram incompatíveis. No entanto, com o passar do tempo, parte desses sites de acesso exclusivo via Tor foi disponibilizada (via "pontes de acesso") na web normal - que não necessita de software especial. Com isso, o conteúdo que antes era dessa web "inacessível" foi parar até mesmo no Google. Acessar esse conteúdo, portanto, é tão fácil quanto acessar qualquer outro site.
É muito difícil saber com certeza se o termo deep web está sendo usado para se referir a um canal de acesso via Tor ou a páginas e serviços de acesso realmente limitado e restrito, independentemente da tecnologia.