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A boca é onde se inicia o processo de digestão dos alimentos, principalmente a digestão química dos carboidratos. Nela há dentes que trituram o alimento e juntamente com a língua, envolvem os pedaços dos alimentos com a saliva, que são produzidas e secretadas pelas glândulas salivares que ficam em anexo à boca, parótidas, submaxilares e sublinguais.
A saliva possui a enzima amilase, também denominada ptialina, que digere o amido e outros polissacarídeos, como no caso do glicogênio, reduzindo-os em moléculas menores como a maltose. Essa enzima perde sua ação em pH ácido, logo sua ação é inibida ao chegar no estômago.
Após a trituração, mastigação e salivação forma-se o bolo alimentar, que é deglutido e direcionado para a faringe, na qual se contrai, levando o bolo alimentar para o esôfago. Os movimentos peristálticos levam o bolo alimentar do esôfago para o estômago.
No estômago, o bolo alimentar é armazenado e misturado com o suco gástrico que é constituído, principalmente, pelo ácido clorídrico, que mantém o pH ácido estomacal. A liberação do suco gástrico é controlada pelo hormônio gastrina.
A acidez favorece a ação da principal enzima, a pepsina, uma protease cuja forma inativa é o pepsinogênio, mas que em ambiente ácido transforma-se em pepsina que quebra as ligações químicas entre os aminoácidos de uma proteína.
Como resultado da digestão química do bolo alimentar, forma-se o suco alimentar, chamado quimo. Uma parte do quimo é assimilado no estômago, mas a maior parte ocorre no intestino delgado.
No intestino delgado, ocorre a maior parte da digestão e absorção dos nutrientes. Esse órgão divide-se em: duodeno, jejuno e íleo.
O quimo ao chegar ao duodeno estimula os hormônios secretina e colecistocinina que atuam na secreção do suco pancreático pelo pâncreas e da bile pelo fígado, respectivamente. A bile, sintetizada pelo fígado e armazenada na vesícula biliar, auxilia na emulsificação da gordura (lipídios). Já o suco pancreático possui várias enzimas como a amilase pancreática que digere amido, carboxipeptidase quebra peptídeos, lipase que digere lipídios dentre outros. Essas secreções se juntam com o suco entérico, produzido pela mucosa intestinal, que possui outras enzimas que participam na digestão de lipídios, proteínas e carboidratos.
No jejuno e íleo, o suco intestinal é composto por várias enzimas que atuam nas etapas finais da digestão, como por exemplo, a maltase e sacarase. Nessa região, a maioria dos nutrientes é absorvido pelo sangue e, com isso, nutrindo todas as células do organismo. O que não foi absorvido, como água e a massa contendo principalmente as fibras, é direcionado para o intestino grosso.
No intestino grosso, encontram-se algumas bactérias que habitam a flora intestinal que fermentam, decompondo o alimento que geram gases e outros produtos como a vitamina K absorvidas pelo corpo. O material que não foi digerido forma as fezes, que se acumulam no reto e são eliminadas para fora do ânus.