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Bactérias são seres procariontes, já os protozoários são eucariontes. As cianobactérias são bactérias que realizam fotossíntese, sendo componente do fitoplâncton.
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A principal diferença entre cianobactérias e protozoários está na forma de se alimentar, enquanto as cianobactérias são autótrofas fotossintetizante (ou seja, produzem seu próprio alimento pela fotossíntese) os protozoários são heterotróficos (não produzem o seu próprio alimento).
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