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A importância ecológica do reino protista é que as algas unicelulares, as platônicas são responsáveis por quase 90% da produção de oxigênio do planeta, sendo também a base da cadeia alimentar aquática. O fitoplâncton emite para atmosfera um gás dimetil-sulfeto (DMS), que é responsável pela formação de nuvens, desempenhando um papel importante no clima terrestre.
O excesso de algas indicam desequilíbrio ecológico (eutrofização).
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