Question

por que Dom João 3 , resolveu criar um governo-geral para o Brasil

Answer 1

Porque recebeu como herança um vastíssimo império pelos quatro cantos do mundo e não tinha capacidade nem energia para tomar as decisões que tal império necessitava. 
Com o Governo Geral passou a ter tempo para a sua actividade preferida, rezar.

Answer 2

Por causa do fracasso do sistema de Capitanias Hereditárias, e era uma forma de centralizar o poder na colônia e acabar com a desorganização administrativa.