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Proteínas conjugadas ou heteroproteínas são aquelas que liberam por hidrólise outros componentes químicos em adição aos aminoácidos. A porção não-constituída por aminoácidos de uma proteína conjugada é chamada de grupo prostético.
As proteínas conjugadas são classificadas com base na natureza química de seus grupos protéicos. Lipoproteínas contém lipídios, glicoproteínas contém açúcares e metaloproteínas contém um metal específico como ferro, cobre, zinco ou outros. Exemplos: Hemoglobina, Cromoproteínas, fosfoproteínas, glicoproteínas, lipoproeínas e nucleoproteínas.
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