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Por vontade real, o projecto inicial de um convento para 13 frades foi sucessivamente alargado para 40, 80 e finalmente 300 frades, uma Basílica e um Paço Real. No entanto, à data da sagração da Basílica, 22 de Outubro de 1730, apenas estavam abertos os alicerces do que viria a ser o Palácio, que apenas começou a ser construído nos anos seguintes, sendo dado como concluído perto de 1735.
A vida de Corte no Palácio de Mafra ao tempo de D. João V foi relativamente escassa, pois o Rei adoeceu gravemente em 1742 e morreu em 1750.
O seu filho D. José I manteve o hábito de vir a Mafra, quase sempre para caçar na Tapada. Mas, como desde o terramoto de 1755 não gostava de habitar em edifícios de pedra, toda a Família Real se instalava numa Barraca edificada junto ao Palácio.
Já no reinado de D. Maria I, as vindas da corte a Mafra prendiam-se com a celebração de festas religiosas ou com o gosto que a Rainha tinha por passear a cavalo na Tapada, hábito que manteve até adoecer, em 1792.
Primitivamente decorado com tapeçarias flamengas, tapetes orientais, o Paço irá sofrer uma profunda modificação por vontade de D. João VI, ainda Príncipe Regente, que encomenda a Cyrillo Volkmar Machado uma campanha de decoração mural em várias salas.
Aqui se instalou toda a Corte no ano de 1806/1807, na atribulada época que precedeu as Invasões Francesas. A necessidade de tornar mais habitáveis os grandes espaços do Palácio levou ainda à divisão de alguns dos grandes espaços em salas mais pequenas, divididas por tabiques de madeira do Brasil “ricamente pintados”.
A partida da Família Real para o Brasil, em 27 de Novembro de 1807, dias antes da chegada das tropas francesas a Lisboa, teve como consequência o empobrecimento de grande parte do recheio do Palácio, transportado para a colónia para serviço da Casa Real e aí tendo sido deixados quando a Corte regressou a Portugal, em Junho de 1821.
Em Dezembro de 1807, as tropas francesas alojaram-se no Palácio sendo, alguns meses depois, substituídos por uma pequena fracção do exército inglês que aqui ficou até Março de 1828.
Após o conturbado período das Lutas Liberais, no reinado de D. Maria II, a Corte retoma o hábito de voltar a Mafra. Seu marido, D. Fernando, verdadeiro pioneiro da defesa do património nacional, realizou diversas obras de recuperação no Real Edifício.
Também D. Pedro V vinha com sua mulher, a rainha D. Estefânia de Hoenzollern-Sigmaringen, passar algumas temporadas em Mafra. Fundou este rei neste Palácio uma Real Escola com o seu nome, para instrução pública, suportada pelo seu bolsinho.
D. Luís I, rei desde 1861, após a morte do irmão,manteve a real protecção à Escola criada por seu irmão, vindo também com frequência assistir aos exames, muitas vezes acompanhado da rainha D. Maria Pia de Sabóia. Para uma estadia em Mafra de seu irmão, o Rei Humberto de Itália, mandou a rainha instalar, entre o piso térreo e o andar nobre, um elevador manobrado por quatro homens, a que a gente do palácio chamava vaivém ou caranguejola. Este terá sido um dos primeiros elevadores no nosso país.
O Palácio de Mafra está também associado ao fim da monarquia em Portugal, pois acolheu o rei D. Manuel II na última noite que passou no reino antes da sua partida para o exílio.