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O tipo de tratamento para a doença do sono irá depender do estágio em que a doença se encontra, sendo que quanto mais cedo for iniciado o tratamento melhores as perspectivas de sucesso. No primeiro estágio os medicamentos utilizados são de baixa toxidade e fáceis de administrar, mas no segundo estágio a medicação deve transpassar a barreira hemato-encefálica para alcançar o parasita, então são medicações que podem apresentar mais efeitos colaterais.
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