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Ao longo de seu processo de instalação em terras brasileiras, Portugal teve que superar diversos empecilhos que tornavam a formação de regiões economicamente produtivas em uma árdua tarefa. Para tanto, teve que contar com a iniciativa de hábeis representantes de seu projeto, de índios que auxiliavam no reconhecimento do ainda desconhecido território e da própria Igreja Católica, que participou ativamente no desenvolvimento dos primeiros centros de colonização.
Particularmente, a participação dos membros da Igreja aconteceu por meio da formação da Companhia de Jesus, que foi designada para garantir a instalação do cristianismo católico nas Américas. De fato, vários padres tiveram importante papel nessa tarefa, chegando até mesmo a desbravarem outras localidades onde nem mesmo os portugueses tinham a condição de sozinhos estabelecerem o domínio metropolitano. A associação entre Igreja e Estado era bastante ativa nesse período.
Em sua trajetória, as missões jesuíticas encamparam uma grande população de indígenas que ganhava educação religiosa em troca de uma rotina de serviços voltados à manutenção desses próprios locais. Com o passar do tempo, algumas dessas propriedades clericais passaram a integrar a economia interna da colônia com o desenvolvimento da agropecuária e de outras atividades de extrativismo. Dessa forma, conciliavam uma dupla função religiosa e econômica.
Enquanto essa situação próspera se desenhava no interior da colônia, os proprietários de terra do litoral enfrentavam grandes dificuldades para ampliar a rentabilidade de suas posses. Um dos grandes problemas esteve ligado à falta de escravos africanos que nem sempre atendiam à demanda local e, ao mesmo tempo, possuíam um elevado valor no mercado colonial. Foi daí então que os bandeirantes começaram a adentrar as matas com objetivo de apresar e vender os índios que resolveriam a falta de mão-de-obra.
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De fato, essa atividade gerou um bom lucro aos bandeirantes que se dispunham a adentrar o interior à procura de nativos. Contudo, a resistência destes e o risco de vida da própria atividade levaram muitos bandeirantes a organizarem ataques contra as missões jesuíticas. Afinal de contas, ali encontrariam uma boa quantidade de “índios amansados” que já estariam adaptados aos valores da cultura europeia e valeriam mais por estarem acostumados a uma rotina de trabalho diária.
Com isso, a rivalidade entre bandeirantes e jesuítas marcou uma das mais acirradas disputas entre os séculos XVII e XVIII. Vez após outra, ambos os lados recorriam à Coroa Portuguesa para resolver essa rotineira contenda. Por um lado, os colonizadores reclamavam da falta de suporte da própria administração colonial. Por outro, os jesuítas apelavam para a influência da Igreja junto ao Estado para denunciarem as terríveis agressões dos bandeirantes.
O desgaste causado por essas disputas só foi resolvido com as ações impostas pelo marquês de Pombal. Primeiramente, decidiu determinar a expulsão dos jesuítas do Brasil por estes imporem um modelo de colonização alheio ao interesse da Coroa. E, logo em seguida, determinou o fim da escravidão indígena e a formação de aldeamentos diretamente controlados por representantes da administração metropolitana.
Com a constante falta de mão de obra para as lavouras os paulistas começaram a caçar indiginas, para fazer as obras, trabalhar nas lavouras e etc...