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O diário de Anne Frank termina aqui. No dia 4 de agosto de 1944 a Polícia de Segurança alemã, acompanhada por alguns holandeses nazistas, deu uma batida no escritório geral, obrigando Kraler a revelar a entrada para o Anexo Secreto. Todos os seus ocupantes, assim como Kraler e Koophuis, foram presos. No dia 3 de setembro, os prisioneiros judeus, após um período em Westerbork (o principal campo de concentração alemão na Holanda), foram enviados, amontoados em vagões de gado, para Auschwitz, o mais famoso centro de exterminação, na Polônia ocupada. (Kraler e Koophuis ficaram em campos de concentração holandeses durante alguns meses, antes de serem libertados.)
O Anexo Secreto foi saqueado e destruído durante a batida policial. Alguns dias depois, misturados aos jornais velhos e lixo espalhados pelo chão, um limpador encontrou os cadernos onde Anne escrevera seu diário. Não sabendo do que se tratava, entregou-os a Miep e Elli. As duas moças, durante um severo interrogatório alemão a que foram submetidas, negaram terminantemente sua ajuda ao pequeno grupo judeu, e assim foram liberadas e salvas.
Tendo guardado cuidadosamente o diário de Anne, entregaram-no a seu pai, Otto Frank, na sua volta, após o término da guerra.
Enquanto isso, os mais velhos do grupo adoeciam sob as terríveis condições de vida em Auschwitz. Van Daan foi mandado para a câmara de gás. Otto Frank escapou por um verdadeiro milagre, pois tinha sido enviado para um campo-hospital em novembro, e ali se encontrava ainda quando o campo foi libertado pelas forças soviéticas em 27 de janeiro de 1945. Juntamente com alguns poucos sobreviventes, ele foi removido para a Galícia e finalmente chegou ao porto de Odessa, no mar Negro, onde um navio neozelandês o conduziu de volta à Europa Oriental. Os outros prisioneiros do campo, cerca de onze mil, foram evacuados pelos alemães, à medida que os russos avançavam. Entre eles estava Peter van Daan, de quem nunca mais se teve notícia.
A caminho de Odessa, Otto Frank soube por um amigo holandês que sua mulher morrera a 5 de janeiro.
Quanto às duas meninas, foram enviadas para Bergen-Belsen, na Alemanha, dois meses após a morte da mãe. Ali Anne mostrou as mesmas qualidades de coragem e paciência na adversidade que a haviam caracterizado em Auschwitz. Em fevereiro de 1945, as duas irmãs contraíram tifo. Um dia, Margot, deitada numa enxerga ao lado da irmã, tentou levantar-se, mas, enfraquecida, caiu ao chão. No seu estado de doença e fraqueza, o choque foi mortal. A morte da irmã fez a Anne o que nada até então conseguira fazer: quebrantar seu espírito.
Alguns dias depois, em princípio de março, Anne morreu