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Governo-geral foi o modelo administrativo utilizado pela metrópole portuguesa para governar sua colônia na América após 1548. Os governos-gerais surgiram após o sistema de capitanias hereditárias mostrar-se incapaz de levar adiante a empresa açucareira que se iniciava no território onde hoje está o Brasil.
Outro motivo para a instauração do governo-geral na colônia portuguesa foi a necessidade de centralizar o poder administrativo da colônia, já que o sistema de sesmarias mantinha-o descentralizado, dando relativa autonomia aos capitães donatários. Essa medida pretendia tornar a administração colonial semelhante ao sistema administrativo da metrópole portuguesa, baseado no Absolutismo.
Semelhante à amplitude do poder detido pelas autoridades no Absolutismo, o governador-geral detinha também amplos poderes. Eles deveriam incentivar a implantação de engenhos, aglutinar os indígenas em povoados e aldeias, buscando neutralizar suas ameaças constantes, seja através do combate ou de alianças com as tribos e nações; reprimir os corsários, combatendo ainda o comércio ilegal de pau-brasil; deveriam ainda organizar e garantir as rendas da colônia, construir navios e fortes para a defesa da colônia, fundar povoações e defender os colonos, além de realizar expedições de busca a metais preciosos.
Para realizar essas funções foram criados alguns cargos de auxílio ao governador-geral. Dentre esses é necessário citar o de provedor-mor, o supervisor das finanças e da arrecadação de impostos; o ouvidor-mor, o responsável pela justiça; e o capitão-mor, o responsável pela defesa da colônia.
O primeiro governador-geral foi Tomé de Sousa, que governou entre 1549 e 1553. A sede administrativa de seu governo localizava-se em Salvador, hoje capital da Bahia. Com ele vieram escravos africanos, mulheres e os primeiros grupos de jesuítas. Estes passaram a ser responsáveis pelo ensino na colônia e por catequizar os índios. Foi no governo de Tomé de Sousa que foi criado o primeiro bispado do Brasil, na cidade de São Salvador.
Duarte da Costa foi o substituto de Tomé de Sousa. Seu governo, que durou de 1553 a 1558, foi marcado pela tensão entre jesuítas e colonos em decorrência da escravidão indígena não aceita pelos religiosos. Foi também durante o governo-geral de Duarte da Costa que os franceses ocuparam o litoral brasileiro, onde hoje se localiza o Rio de Janeiro, e criaram a França Antártica. Em razão principalmente da incapacidade em expulsar os franceses da colônia, Duarte da Costa foi substituído por Mem de Sá.
Tendo sua administração sido estendida de 1558 a 1572, Mem de Sá pretendeu restabelecer as boas relações entre jesuítas e colonos, principalmente através da criação dos aldeamentos indígenas, conhecidos como missões. Nas missões, a ordem tribal era quebrada em razão da tentativa de inserção dos indígenas em um sistema de vida europeu. O resultado foi a utilização dos indígenas nas lavouras e também a disseminação de inúmeras doenças, já que os indígenas não tinham resistência imunológica a muitas das moléstias trazidas do Velho Mundo.
Foi em seu governo que os franceses foram expulsos do litoral sul da colônia e que foi fundada a cidade do Rio de Janeiro. Após o falecimento de Mem de Sá, em 1572, o rei D. Sebastião dividiu a administração colonial em dois governos-gerais: um com sede em Salvador e responsável pela porção norte da colônia, e outro com sede no Rio de Janeiro, responsável pela porção sul. Entretanto, a medida não foi satisfatória, voltando ao antigo sistema em 1578.