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"Deus morreu" ou "Deus está morto, [e nós o matamos]" quer dizer que a concepção cristã de Deus, na Idade Contemporânea foi superada pela vitalidade e os ideais cristãos de negação da vida terrena (a vida que levamos aqui na terra) foram descontinuados por conta dessa incompatibilidade de modos de vida entre os que dizem "sim" para a vida (os que vivem a vida como ela é, que amam a vida com todos os seus percalços e que estão mergulhados na carnalidade da vida) e os que dizem "não" para a vida (os que vivem em "santidade" ou negando os prazeres da carne, negando a vida em troca de uma vida no céu, na eternidade mesmo sendo mortal e finito) que Nietzsche diz serem os cristãos.
O fato de Deus ter morrido não é uma apologia ao ateísmo, mas pelo contrário, é a constatação de que a Idade moderna já estava matando Deus e tirando o Deus cristão (esse que faz as pessoas negarem a vida) de suas vidas ao ponto de que quando não houver mais lugar para Deus, ele seria morto na Cruz; Logo, para Nietzsche, Deus morreu bem antes, quando Jesus foi crucificado e Jesus por ter negado a vida, carregou para si todo o modelo de ser cristão junto consigo e o que ficou foi exatamente a negação dos seus ideais porque Jesus ao negar a vida, não aderiu aos ideais, à vida como poderia ser e não foi; Depois dele, o Cristianismo se fundamentou nos ideais gregos de vida após a Terra e por fim, condenou toda a uma civilização a cultuar um Deus inumano, ou um Deus dos ressentidos que se diz ser amor mas que condena e odeia os que não os seguem ao mal e ao inferno.
Esse Deus, segundo Nietzsche, morreu no século XIX em diante e o último cristão (Jesus) morreu na cruz por ter dito "sim" à vida (no sentido de amar o próximo aqui na Terra e evangelizar para o povo, e não para os anjos)
Espero ter ajudado!