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O modelo de Rutherford deixou algumas lacunas, pois o cientista não foi capaz de resolver todas as questões. Ele não compreendia o porquê de os prótons do núcleos não se repelirem, já que + com + (ou qualquer sinal igual) se repele. Outra dúvida era o porquê dos elétrons não caírem no núcleo.
Bohr, então, cria a partir do modelo de Rutherford, o modelo Rutherford-Bohr, que soluciona as lacunas anteriores. Bohr entende que os elétrons não se movem aleatoriamente, e sim em órbitas circulares, criando os níveis de energia, e que quanto mais próximo no núcleo, menor a energia do elétron. Compreendeu também que os níveis de energia são quantizados, que existe um salto quântico.
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