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No Brasil, os sambaquis são distribuídos por toda a costa, tendo chamado a atenção do europeu logo no início da colonização europeia do país, no século 16. A diferença de hábitos culturais e alimentares levou à conclusão de que eram obra de uma sociedade distinta daquela dos Tupi-guaranis, que então povoavam toda a região costeira do país. Estudos recentes sugerem que os sambaquis tenham sido produzidos por povos que viveram na costa brasileira entre 8 mil e 2 mil anos antes do presente.
Alguns destes sambaquis chegavam a atingir 30 metros de altura por 40 de comprimento. No século XVI, conchas de um só monte foram moídas e utilizadas como cal na construção do Palácio do Governador, de parte do Colégio da Bahia, de engenhos de açúcar e de vários outros edifícios.
O Sambaqui de Cananeia, localizado na Ilha do Cardoso, em Cananeia, no litoral do Estado de São Paulo, é um dos mais antigos do Brasil, com cerca de 8 mil anos.