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Diversas partes do nosso corpo possuem bactérias, como o sistema respiratório, a pele, a boca, o estômago e o intestino. No intestino, por exemplo, encontramos bactérias que atuam na modulação do sistema imune, na produção de proteínas e vitaminas, na degradação de certos produtos da dieta e na proteção do intestino de outras bactérias que possam causar infecções graves, como aquelas desencadeadas por Clostridium difficile. Como exemplo de bactérias que vivem no intestino, podemos citar os Lactobacillus e Lactococcus.
Outro exemplo que pode ser citado são as bactérias encontradas na pele, que impedem que outras bactérias estabeleçam-se. Entretanto, apesar de essas bactérias serem benéficas, podem contaminar o ser humano caso ocorra alguma lesão e nosso sistema imunológico esteja comprometido. Como exemplo de bactérias que vivem na pele, podemos citar as do gênero Staphylococcus, Streptococcus e Propionibacterium.
A boca também abriga bactérias importantes. Estima-se que existam mais de 500 espécies de bactérias vivendo em nossa mucosa bucal para evitar a proliferação de novas bactérias e fungos. Entre as bactérias que vivem na boca, podemos citar: Staphylococcus, Propionibacterium e Streptococcus.