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O vírus tem um envelope formado por lipoproteínas (proteínas e óleos). O álcool dissolve óleos (logo destruindo o envelope viral) e também evapora rapidamente (desidratando o envelope). O vírus assim exposto é inativado.
Nem todos os vírus tem um envelope: o Norovirus, responsável por infecções gastro-intestinais, não tem, e por isso não é inativado somente com álcool.
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