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Resposta:
Há três principais contaminantes no rio hoje.
O esgoto doméstico é a maior parte, já que as regulações sobre dejetos industriais obrigaram as indústrias a passar a entregar a água tratada.
Mas, segundo Toledo Piza, existe ainda um residual industrial. Ele vem de produções que burlam o regulamento ou de pequenas manufaturas, como fábrica de bijuterias de fundo de quintal. A quantidade é pequena, o problema é o tipo de material que esse esgoto pode conter.
Há ainda a chamada "carga difusa" - sujeira que está nas ruas e é levada pela chuva para os córregos ou para a rede pluvial, que desemboca no rio. Isso inclui fuligem de carros, bitucas de cigarro, lixo que as pessoas jogam nas ruas, cocô de animais e água com detergente da lavagem de quintais que vai para a rua, e não para o ralo, entre outros.
Esse lixo todo gera o assoreamento: o acúmulo de lixo, entulho e outros detritos no leito do rio, diminuindo a capacidade de vazão da água e gerando enchentes. A isso se soma o desmatamento da mata ciliar ao longo dos córregos da bacia, que causa erosão do solo e ida de ainda mais detritos para o curso d'água.