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Todas as proteínas, inclusive enzimas, dependem do próton livre para a sua atuação, para manter sua conformação molecular e permitir o encaixe do substrato específico. Em realidade, uma enzima, seja qual for, requer uma concentração de H+ que é ótima para sua atuação: é o pH ótimo (por exemplo, o pH ótimo da pepsina é 2, enquanto o da amilase é 8)
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