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A pele do pênis é mais escura que o resto do corpo devido a um processo biológico e hormonal totalmente normal que ocorre durante a puberdade. Quando os homens começam a se desenvolver, seu organismo passa por muitas mudanças, entre as quais ressalta-se uma maior produção de hormônios sexuais andrógenos, testosterona, androsterona e androstenediona, os quais são responsáveis por dar ao corpo masculino certas características comuns da masculinidade, como o crescimento dos pelos pubianos, corporais e faciais, assim como de uma mudança na pigmentação do pênis, que se tornará mais escuro do que na infância. Esta mudança da cor da pele do pênis se deve ao fato de que os andrógenos respondem aos melanócitos, responsáveis por produzir a melanina, substância encarregada de dar cor a pele.
Este processo que acontece ao longo de toda a puberdade é totalmente normal e ocorre em todos os homens, ou seja, será estranho ou anormal se a pele do pênis não for mais escura que a pele do resto do corpo. Não obstante, existem outros fatores que podem alterar a cor do pênis, especialmente no escotro e na virilha, mas que representam uma mudança repentina, produto de alguma condição específica do órgão, ou como consequência de alguma doença.