A produção mundial de alimentos poderia se reduzir a 40 % da atual sem a aplicação de controle sobre as pragas agrícola. Por outro lado, o uso frequente dos agrotóxicos pode causar contaminação em solos, águas superficiais e subterrâneas, atmosfera e alimentos. Os biopesticidas, tais como a piretrina e a coronopilina, tem sido uma alternativa na diminuição dos prejuízos econômicos, sociais e ambientais gerados pelos agrotóxicos
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A utilização de agrotóxicos é algo muito presente atualmente, cerca de 70% dos produtores de UVA de Petrolina - Pernambuco utilizam de ETEFOM para a produção exacerbada de uva. Esses agrotóxicos tem influência não só nas pragas, quanto em nós, humanos. O controle de agrotóxicos deve ser realizado constantemente por laboratórios que informem ao MAPA - Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento esses níveis, a inserção de metodologias como a cromatografia líquida acoplada de espectrometria de massas é um item muito interessante a se usar. Pelos avanços tecnológicos, empresas como a Waters e Agilent Technologies possuem tecnologias como a do triplo quadrupolo para análise de nanopartículas.
O cromatógrafo líquido deve ser bem orientado em relação aos eluentes da fase móvel e estacionária, moléculas de agrotóxicos muito polares como etefom, glifosato e glufosinato tendem a se aderir a superfícies com sílicato, como é o exemplo do vidro, assim como podem se aderir aos pré-filtros da coluna cromatográfica, suprimindo sinais para o cromatograma, fazendo com que a quantificação no espectrômetro de massas não seja tão exata como deveria ser.
O espectrômetro de massas deve estar com o fluxo do gás dessolvatador indicado para cada molécula, lembrando que a corrente a ser aplicada aos diferentes tipos de agrotóxicos também são diferentes, na metodologia de análise de etefom, glifosato e glufosinato, devem ser aplicadas correntes negativas, já para paraquat, compostos quaternários de amônia e arginina, devem ser aplicadas correntes positivas.
Após a passagem pelo ionizador por eletrospray, a molécula será direcionada a um filtro, onde serão separadas as moléculas com carga e neutras.
Através do peso da molécula, que será indicado ao espectrômetro, será possível remover partículas que não são desejadas, através da aplicação de voltagem numa placa de detecção de massas antes do primeiro quadrupolo. Ao entrar no primeiro quadrupolo, a molécula será direcionada à quatro hastes metálicas onde serão aplicadas correntes contínuas positivas e negativas alternadamente, com uma aplicação de radiofrequência para manter tais correntes constantes. Com a rotação das quatro hastes, a molécula fará uma trajetória helicoide até o segundo quadrupolo, neste quadrupolo também conhecido como célula de colisão, será induzido um fluxo de argônio, que ocupará o volume da célula, fazendo com que as moléculas que vieram do primeiro quadrupolo colidam com as moléculas de argônio, gerando uma dissociação das moléculas iniciais, chamamos isto de dissociação induzida por colisão, onde as "moléculas pai" fragmentam e viram "moléculas filhas". Após essa fragmentação, a molécula segue para o terceiro quadrupolo, onde será transportado até uma placa de detecção de massas, quando a molécula bater nesta segunda placa, o espectrômetro irá gerar um cromatograma, comparando a massa da molécula pai com a massa da molécula filha. Onde será gerada uma razão de íons que poderá confirmar se é a molécula que estavamos suspeitando ou não. O gráfico de linearidade do cromatograma é gerado através da metodologia dos mínimos quadrados, que procura encontrar o melhor ajuste para um conjunto de dados tentando minimizar a soma dos quadrados das diferenças entre o valor estimado e os dados observados.
Com esses dados, é possível estabelecer um controle dos agrotóxicos, fazendo com que as pessoas e os animais não se intoxiquem com quantidades exorbitantes de agrotóxicos.
Atualmente há vários casos de internação por consumo exacerbado de glifosato, um dos agrotóxicos mais utilizados em feijão, milho e soja do mundo.