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Os micro-organismos participam da formação do solo decompondo restos animais e vegetais num processo que resultará na formação de substâncias húmicas que, em conjunto com outros materiais da decomposição, promoverão a agregação das partículas primárias e formarão os agregados do solo . A biomassa microbiana do solo é a parte viva e mais ativa da matéria orgânica nele presente, essa biomassa é constituída por fungos, bactérias e actinomicetos que atuam em processos que vão desde a formação do solo (mineralização das rochas), até a decomposição de resíduos orgânicos, ciclagem de nutrientes e biorremediação de áreas contaminadas por poluentes
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